临床执业助理医师是国家认可的，全国通用的资格证书。而乡镇执业助理医师虽然也是国家认可，但只局限于你报考的省份内的乡镇卫生院范围执业。而临床执业助理医师不受这方面的限制

执业助理医师在乡镇卫生院可以单独执业，可以开处方！在注册时按规定可以注册2个科目！